黑暗扎基事件三年之后，异生兽的危机越演越烈。一个异时空穿越而来的年轻人看着这遍布战火满目疮痍的世界，决定改变这一切。那一年，远古文明遗留的时光机划破天际，撕裂天空的美尔巴与崩裂大地的哥尔赞纷纷现世，朝着埋藏在山里的金字塔而去。那一年，九头蛇组织的人造奥特曼失控，在新宿大肆破坏，宣布人成为神的时代来临。那一年，姬矢准与千树玲看着变身与黑暗巨人战斗的奈克瑟斯，请求光芒再一次赐予他们力量。那一年，黑暗的支配者降临，孩子们的声音从世界各处响起，汇聚成一道闪耀的光芒，冲破了笼罩天际的黑暗。